早上起来牙疼可能是由于根尖周炎、牙髓炎、龋病所造成的，针对三种不同的疾病所采取的治疗方式也不同。
①根尖周炎。
根尖周炎是一种组织炎症性疾病，发生位置在牙根尖的周围，病因有物理刺激和细菌感染两种。患病期间患者的牙齿会出现自发性的疼痛，同时还有咬合疼，患者根尖部的牙龈会变得肿胀，也由此出现了早上起床牙疼的情况。此类患者可以在医生的指导下服用一些甲硝唑、布洛芬等药物来进行病症治疗，或者在必要时采用手术的方式医治，比如使用牙髓血运重建术或者根管治疗术等等。
建议根尖周炎患者饮食以半流质为主。因为根尖周炎患者的咀嚼能力会因为病情而受到一定影响，所以蔬菜泥汤或者小米粥这类食物会更加适合患者进行消化吸收。同时根尖周炎患者还要多注意自身对于营养物质的摄取，应当多吃一些营养物质含量丰富的食物，比如牛年、鸡蛋等等，这些食物都会对患者的病情恢复有一定帮助。
②牙髓炎。
牙髓炎是发生在牙髓的炎症性病变，引起牙髓炎的原因主要包括有免疫反应、化学刺激、物理刺激以及细菌感染等等。患者的临床表现症状主要为牙疼，在受到温度刺激后会有自发性疼痛或者反射性疼痛难过等等，由此也导致了患者会在早上起床时有牙疼的情况出现。一般来说患者可以采用手术的方式来对病症进行治疗，比如牙髓切断术、间接盖髓术、直接盖髓术等等。
建议牙髓炎的患者多吃一息额容易拒绝的饭菜，比如米粥、米汤等，这类容易吞咽的食物对牙龈的肿痛不会造成特别大的影响。尽量多喝水，不要吃坚硬的东西，宜吃一些帮助降火止痛的食物，多吃高蛋白食物，多吃帮助清火、清肝的食物。忌口辛辣、刺激性强的食物，不要吃过于油腻的食物，保持饮食清淡。
③龋病。
龋病中常见的就是龋齿（虫牙），病因包括饮食和细菌感染，最主要的临床表现症状就是牙齿变色，牙疼。针对于去病患者来讲，如果出现了早上起来牙疼的情况则可以在医生的指导下利用氟化铵、氟化钠甘油糊剂等药物进行对症治疗，必要时也可以通过手术的方式来对病症进行医治，比如嵌体修复术、银汞合金填充术等等。